Puluhan tahun kemudian, ilmuwan Monarch, Dr. Ishiro Serizawa, menemukan fosil raksasa di Filipina, serta dua spora misterius.
Salah satu spora menetas, melahirkan monster raksasa bernama MUTO, yang kemudian menghancurkan reaktor nuklir di Janjira, Jepang, dan mengakibatkan tragedi bagi Joe Brody serta keluarganya.
Baca Juga: Sinopsis 'Komang' Berdasarkan Kisah Cinta dan Perjuangan Raim Laode
Bertahun-tahun kemudian, Ford Brody, putra Joe, kembali ke Jepang dan menemukan bahwa MUTO masih hidup dan mulai menyerang berbagai tempat.
Kemunculan Godzilla di lautan membuktikan bahwa ia bukanlah ancaman bagi manusia, melainkan predator alami yang bertugas menjaga keseimbangan alam.
Saat MUTO jantan dan betina bertemu di San Francisco, Godzilla muncul untuk menghentikan mereka dalam pertarungan dahsyat.
Setelah pertempuran sengit, Godzilla berhasil mengalahkan MUTO dan kembali ke laut, sementara manusia mulai menyadari bahwa sang "Raja Monster" bukan musuh, melainkan penyelamat tersembunyi dunia.